La nomina del Presidente dell'Autorità portuale è sancita dall'art. 8.1 (e 1-bis) della Legge 28-1.1994, n. 84.
Nel testo si legge:

8. Presidente dell'autorità portuale.

1. Il presidente è nominato, previa intesa con la regione interessata, con decreto del Ministro dei trasporti e della navigazione, nell'ambito di una
terna di esperti di massima e comprovata qualificazione professionale nei settori dell'economia dei trasporti e portuale designati rispettivamente dalla provincia, dai comuni e dalle camere di commercio, industria, artigianato e agricoltura, la cui competenza territoriale coincide, in tutto o in parte, con la circoscrizione di cui all'articolo 6, comma 7. La terna è comunicata al Ministro dei trasporti e della navigazione tre mesi prima della scadenza del mandato.
Il Ministro, con atto motivato, può chiedere di comunicare entro trenta giorni dalla richiesta una seconda terna di candidati nell'ambito della quale effettuare la nomina. Qualora non pervenga nei termini alcuna designazione, il Ministro nomina il presidente, previa intesa con la regione Interessata, comunque tra personalità che risultano esperte e di massima e comprovata qualificazione professionale nei settori dell'economia dei trasporti e portuale.

1- bis
Esperite le procedure di cui al comma 1, qualora entro trenta giorni non si raggiunga l'intesa con la regione interessata, il Ministro delle infrastrutture e dei trasporti indica il prescelto nell'àmbito di una terna formulata a tale fine dal presidente della giunta regionale, tenendo conto anche delle indicazioni degli enti locali e delle camere di commercio, industria, artigianato e agricoltura interessati. Ove il presidente della giunta regionale non provveda alla indicazione della terna entro trenta giorni dalla richiesta allo scopo indirizzatagli dal Ministro delle infrastrutture e dei trasporti, questi chiede al Presidente del Consiglio dei Ministri di sottoporre la questione al Consiglio dei Ministri, che provvede con deliberazione motivata.

FONTE: ASSOPORTI